Talleres
En Landa Lab nos apasiona compartir el conocimiento y fomentar el aprendizaje práctico. Ofrecemos talleres especializados en herramientas y metodologías clave para el análisis de datos biológicos, microbioma, ecología microbiana y más. Nuestros cursos están dirigidos a estudiantes, investigadores y profesionales que deseen fortalecer sus habilidades en bioinformática y análisis de datos.
¡Aprende con nosotros y lleva tu investigación al siguiente nivel!
conoce todos los talleres que ofrecemos
Bioinformática con Linux - Bash
Este curso proporciona los conocimientos esenciales sobre el sistema operativo Linux y la línea de comandos, fundamentales para cualquier análisis bioinformático.
Introducción a R y RStudio
En este curso aprenderás a manejar R y RStudio para análisis y visualización efectiva de datos biológicos y ecológicos.
Análisis de Amplicones
Este curso ofrece entrenamiento práctico en análisis de secuencias de amplicones para estudios ecológicos y taxonómicos utilizando herramientas modernas.
Metagenómica Básica
Curso introductorio al análisis metagenómico, con enfoque en la preparación, procesamiento y ensamblaje inicial de datos shotgun.
Análisis Metagenómicos Avanzados
Explora técnicas avanzadas para el análisis de datos metagenómicos tipo shotgun. Aprende a ensamblar metagenomas, identificar MAGs, realizar anotaciones funcionales y descubrir la diversidad microbiana desde una perspectiva más profunda y robusta.
Genómica a partir de Metagenómica
Aprende a reconstruir genomas microbianos (MAGs) a partir de datos metagenómicos. Este taller te guía por el ensamblaje, binning y evaluación de calidad de genomas, abriendo la puerta al estudio detallado de microorganismos no cultivables.
iNTRODUCCIÓN A LA bIOINFORMÁTICA CON LINUX - bash
Objetivo: Familiarizar al estudiante con el sistema operativo Linux y el uso de la terminal para tareas básicas de bioinformática.
Este curso proporciona los conocimientos esenciales sobre el sistema operativo Linux y la línea de comandos, fundamentales para cualquier análisis bioinformático.
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Temario:
- ¿Qué es Linux y por qué se usa en bioinformática?
- Navegación básica por el sistema de archivos
- Manipulación de archivos y carpetas
- Redirecciones y pipes
- Búsqueda de archivos y contenido
- Permisos y ejecución de scripts
- Compresión y descompresión de archivos
- Automatización con scripts Bash
- Instalación y uso de herramientas bioinformáticas vía conda/mamba
- Práctica
Advanced
- Lenguaje: LINUX - BASH
- Nivel: Principiante
- Modalidad: Práctico, con ejercicios guiados y codificación en vivo
- Dirigido a: Estudiantes de licenciatura y posgrado, profesionistas y público en general interesado en adquirir competencias básicas en bioinformática.
- Requisitos: Ninguno. No necesitas saber programación ni instalar ningún programa. Solo necesitas una computadora con acceso a internet
Introducción a R y RStudio
Objetivo: conocer al lenguaje R para análisis de datos, con énfasis en datos biológicos y ecológicos.
En este curso aprenderás a manejar R y RStudio para análisis y visualización efectiva de datos biológicos y ecológicos.
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Temario:
- Instalación y configuración de R y RStudio
- ¿Qué es R?
- ¿Cómo descargar R?
- ¿Cómo descargar Rstudio?
- Tipos de datos y estructuras básicas (vectores, listas, data frames)
- Importación y exportación de datos
- Manejo de datos con dplyr y tidyr
- Visualización de datos con ggplot2
- Estadística descriptiva básica
- Introducción a gráficos: boxplots, barras, dispersión
- Buenas prácticas y organización de scripts
- Práctica
BÁSICO
- Lenguaje: R
- Modalidad: Práctico, con ejercicios guiados y codificación en vivo
- Dirigido a: Cualquier persona interesada en aprender, sin importar su área de estudio o profesión
- Requisitos: Ninguno. No necesitas saber programación ni instalar ningún programa. Solo necesitas una computadora con acceso a internet
Análisis de Amplicones
Objetivo: Capacitar al alumno en el procesamiento y análisis de datos de secuenciación de amplicones (16S, ITS, 18S).
Este curso ofrece entrenamiento práctico en análisis de secuencias de amplicones para estudios ecológicos y taxonómicos utilizando herramientas modernas.
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Temario:
- Fundamentos de secuenciación de amplicones
- Diseño experimental y regiones del gen marcador (16S rRNA)
- Control de calidad con FastQC
- Corte de adaptadores con Cutadapt
- Procesamiento con DADA2 (en R) / QIIME2
- Construcción de tabla de ASVs
- Asignación taxonómica con bases como SILVA o Greengenes
- Diversidad alfa y beta (Shannon, Simpson, Bray-Curtis)
- Visualización de resultados (barplots, NMDS, PCoA)
- Práctica completa desde archivos FASTQ a análisis ecológico
INTERMEDIO
- Lenguaje: Linux y R
- Modalidad: Práctico, con ejercicios guiados y codificación en vivo
- Dirigido a: Estudiantes de licenciatura y posgrado, profesionistas interesados en estudios de microbioma y biodiversidad.
- Requisitos: Conocimientos básicos de Linux y R.
METAGENÓMICA BÁSICA
Objetivo: Introducir al estudiante al análisis de datos metagenómicos shotgun, desde el control de calidad hasta el ensamblado
Curso introductorio al análisis metagenómico, con enfoque en la preparación, procesamiento y ensamblaje inicial de datos shotgun.
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Temario:
- Introducción a la metagenómica y diferencias con amplicones
- Preparación de datos: control de calidad con FastQC y fastp
- Filtrado y trimming
- Remoción de contaminantes con Bowtie2
- Ensamblado de lecturas con MEGAHIT o metaSPAdes
- Evaluación del ensamblado con QUAST
- Predicción de ORFs con Prodigal
- Introducción a la anotación funcional con eggNOG-mapper
- Visualización y manejo de contigs
- Práctica: pipeline de ensamblado y anotación
básico - INTERMEDIO
- Lenguaje: Linux y R
- Modalidad: Práctico, con ejercicios guiados y codificación en vivo
- Dirigido a: Estudiantes de licenciatura y posgrado, profesionistas interesados en iniciar análisis metagenómicos.
- Requisitos: Conocimientos básicos de Linux y R.
ANÁLISIS METAGENÓMICOS AVANZADOS
Objetivo: Profundizar en la exploración de datos metagenómicos: binning, perfiles funcionales, y comparación entre condiciones.
Explora técnicas avanzadas para el análisis de datos metagenómicos tipo shotgun. Aprende a ensamblar metagenomas, identificar MAGs, realizar anotaciones funcionales y descubrir la diversidad microbiana desde una perspectiva más profunda y robusta.
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Temario:
- Conceptos de binning y MAGs (Metagenome-Assembled Genomes)
- Binning con MetaBAT2 y CONCOCT
- Refinamiento con DAS Tool
- Evaluación de MAGs con CheckM
- Anotación funcional con DRAM o eggNOG
- Cálculo de abundancias con CoverM
- Análisis estadísticos de perfiles funcionales
- Visualización con heatmaps, ordination, redes
- Análisis diferencial con DESeq2 o ALDEx2
- Práctica: del ensamblado al análisis funcional comparativo
INTERMEDIO
- Lenguaje: Linux y R
- Modalidad: Práctico, con ejercicios guiados y codificación en vivo
- Dirigido a: Estudiantes de licenciatura y posgrado, profesionistas interesados en iniciar análisis metagenómicos.
- Requisitos: Conocimientos básicos de Linux y R.
Genómica a partir de Metagenómica
Objetivo: Enseñar a recuperar, evaluar y analizar genomas individuales a partir de muestras metagenómicas.
Aprende a reconstruir genomas microbianos (MAGs) a partir de datos metagenómicos. Este taller te guía por el ensamblaje, binning y evaluación de calidad de genomas, abriendo la puerta al estudio detallado de microorganismos no cultivables.
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Temario:
- Introducción a MAGs: qué son y cómo se obtienen
- Binning dirigido y verificación
- Evaluación de calidad (completitud y contaminación)
- Clasificación taxonómica con GTDB-Tk
- Análisis de ANI con fastANI o dRep
- Genómica comparativa básica
- Análisis de vías metabólicas con Pathway Tools o KEGG Mapper
- Visualización de genomas (anotaciones, mapas circulares)
- Estudios de ecología genómica y biogeografía
- Práctica: recuperación y análisis de MAGs representativos
INTERMEDIO
- Lenguaje: Linux y R
- Modalidad: Práctico, con ejercicios guiados y codificación en vivo
- Dirigido a: Estudiantes de licenciatura y posgrado, profesionistas interesados en iniciar análisis metagenómicos.
- Requisitos: Conocimientos básicos de Linux y R.
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eventos pasados
Un poco de lo que se vivió en el taller "Introducción a R y R Studio" en Mérida, Yucatán.